IEB është i strukturuar në tri departamente, të cilat mbulojnë fushat e zhvillimit të kurrikulës, të trajnimeve dhe certifikimeve në fushën e edukimit, por dhe të arsimit dhe formimit professional, por dhe programe të vazhduara të studimit dhe të kualifikimit pas përfundimit të studimeve të ciklit master nga ana e studentëve.Një vend të veçantë zë dhe Departamenti i botimeve, i cili bashkëpunon ngushtë me shtëpinë botuese “Dudaj” dhe mbështet botimin e teksteve shkollroe për arsimin parauniversitar, botimet universitare dhe revista shkencore në UMB.