Kërkimi shkencor është pjesë organike e së IEB. Ai zhvillohet nëpërmjet projekteve dhe ka kryesisht natyrë aplikative. Kërkimi zhvillohet në bashkëpunim me universitete brenda dhe jashtë vendit, me organizata donatore që mundësojnë realizimin e studimeve dhe në veçanti mbështetjet për procese të mbledhjes së të dhënave në terren për kërkime të fushave të ndryshme që lidhen me edukimin.